Sau khi xây dựng thành công hệ thống HACCP, doanh nghiệp sản xuất cần phải xin chứng nhận của các cơ quan có thẩm quyền. Cơ quan chứng nhận HACCP là một cơ quan độc lập với cơ quan tư vấn áp dụng HACCP. Ở một số quốc gia, cơ quan chứng nhận là cơ quan quản lý nhà nước về vệ sinh an toàn thực phẩm như Hàn Quốc… Tuy nhiên ở một số quốc gia khác, cơ quan chứng nhận HACCP là một tổ chức dịch vụ kỹ thuật. Cơ quan chứng nhận ở các quốc gia có sự khác nhau nhưng các bước tiến hành thủ tục chứng nhận đều phải tuân theo các bước sau:

Cuộc tiếp xúc diễn ra trước khi ký hợp đồng chứng nhận. Các thông tin chính cần thống nhất bao gồm:

- Các yêu cầu cơ bản của việc chứng nhận

- Các bước của thủ tục chứng nhận

- Tiêu chuẩn ứng dụng

- Các chi phí dự tính

- Chương trình kế hoạch làm việc

- Doanh nghiệp gửi tới cơ quan chứng nhận: Đơn đăng ký chứng nhận, các kế hoạch HACCP, các tài liệu, hồ sơ liên quan đến việc áp dụng HACCP.

- Cơ quan chứng nhận cử chuyên gia phân tích đánh giá tình trạng thực tế về hồ sơ HACCP nhằm phát hiện ra những điểm yếu của văn bản tài liệu và việc áp dụng hệ thống HACCP tại thực địa. Sau khi kiểm tra và đánh giá sơ bộ, các chuyên gia phải chỉ ra được những vấn đề về hồ sơ tài liệu và thực tế áp dụng HACCP cần chấn chỉnh để doanh nghiệp sửa chữa kịp thời. Bước đánh giá sơ bộ này rất có lời cho doanh nghiệp vì nó đóng vai trò hướng dẫn khuôn mẫu cho bước tiến hành đánh giá chính thức.

Các tài liệu này đã được hiệu chỉnh, sau đánh giá sơ bộ (bước 2), gồm:

- Kế hoạch HACCP, tài liệu liên qua HACCP (Sổ tay HACCP)

- Thủ tục và chỉ dẫn công việc

- Mô tả sản phẩm

- Các tài liệu về giám sát, kiểm tra, thử nghiệm,, sửa chữa…

- Bảng hỏi kiểm định HACCP

- Các văn bản tài liệu HACCP (sổ tay HACCP) sẽ được đánh giá tính phù hợp của hệ thống HACCP với các luật lệ, tiêu chuẩn liên qua được xác định, cụ thể là:

- Sau khi xem xét, đánh giá chính thức các tài liệu, hồ sơ, chuyên gia đánh giá phải làm báo cáo đánh giá về các văn bản tài liệu và gửi cho doanh nghiệp 1 bản.

- Doanh nghiệp nhận được bản báo cáo đánh giá về các văn bản tài liệu, có trách nhiệm rà soát và sửa chữa.

- Các chuyên gia đánh giá phải viết báo cáo đánh giá cùng với các báo cáo về sự không phù hợp và các điểm cần lưu ý sau khi kiểm tra đánh giá hồ sơ. Trong báo cáo cần nêu ra các câu hỏi cũng như các vấn đề cần sửa chữa để doanh nghiệp trả lời và sửa chữa. Các câu hỏi sẽ được làm rõ muộn nhất là trong quá trình kiểm tra thực địa.

- Đồng thời một kế hoạch kiểm tra, thẩm tra tại thực địa cũng được thống nhất giữa đoàn thẩm tra đánh giá và doanh nghiệp.

- Đoàn đánh giá sẽ đến kiểm tra và thẩm định tại thực địa, xem xét sự phù hợp của các hồ sơ với thực tế, kiến nghị sửa chữa các điểm không phù hợp.

- Trong khi kiểm tra chứng nhận tại thực địa, sẽ xác định hiệu quả của hệ thống HACCP.

- Vai trò của doanh nghiệp trong quá trình kiểm tra là trình bày các ứng dụng thực tế của các thủ tục chương trình HACCP.

- Kết thúc kiểm tra tại thực địa, đoàn đánh giá sẽ tổ chức một buổi họp kết thúc, doanh nghiệp sẽ có cơ hội đưa ra ý kiến về những gì kiểm tra tìm thấy đã nêu ra.

Sự không phù hợp sẽ được chứng minh trong các báo cáo sai lệch.

Đối với các sai lệch, doanh nghiệp có trách nhiệm chỉnh sửa lại.

- Sau khi doanh nghiệp đã hoàn thành việc sửa chữa các sai lệch và những điều còn thắc mắc được làm rõ, đoàn đánh giá phải thẩm tra lại và báo cáo đánh giá, thẩm định toàn bộ. Tuy nhiên, doanh nghiệp có quyền đưa ra quan điểm tán thành hoặc không tán thành các ý kiến của đoàn hoặc thẩm tra viên trong vòng 2 tuần lễ.

- Cơ sở được cấp chứng nhận HACCP nếu toàn bộ hồ sơ tài liệu đều phù hợp với thực tế và toàn bộ các điểm không phù hợp đã được khắc phục sửa chữa thỏa đáng, được trưởng đoàn đánh giá xác nhận. Bộ hồ sơ để xem xét câp chứng nhận HACCP bao gồm:

- Cơ quan chứng nhận sẽ cấp chứng nhận HACCP cho khách hàng. Chứng nhận HACCP có giá trị 3 năm.

- Trong thời gian hiệu lực của giấp chứng nhận HACCP, cơ quan chứng nhận phải tổ chức giám sát định kỳ ( trung bình là 6 tháng/lần) để đảm bảo rằng tất cả các quy phạm vệ sinh, nguyên tắc HACCP đang được duy trì đúng theo yêu cầu.

- Nếu trong quá trình giám sát, phát hiện thấy có vấn đề không phù hợp, không khắc phục sửa chữa kịp thời, sẽ bị thu hồi giấy chứng nhận.

- Khi hết thời gian hiệu lực của giấy chứng nhận ( giấy chứng nhận có giá trị 3 năm), cơ sở phải đăng ký và làm thủ tục chứng nhận lại vào thời điểm trước khi sắp hết hạn (3 tháng). Thủ tục chứng nhận lại như chứng nhận ban đâu nhưng tính chất đơn giản hơn nhiều.

- Việc thu hồi chứng nhận: Nếu có sự sai lệch nghiêm trọng, chứng nhận sẽ bị thu hồi lại. Sự sai lệch nghiêm trọng có thể là sự nghi ngờ hiệu quả của hệ thống HACCP hoặc phát hiện các vấn đề vi phạm về luật lệ và tiêu chuẩn HACCP.